Центр повышения квалификации был создан в 2006 году, как учебное подразделение университета «Высшая школа экономики». С тех пор его организация постоянно совершенствуется, в соответствии с потребностями НИУ ВШЭ и вузов-партнеров.
Основной первоначальной целью создания Центра было повышение квалификации сотрудников университета как в пределах страны, так за рубежом. Переподготовка специалистов других вузов тогда не рассматривалась как основная задача.
Однако, в 2008 году обучение ППС вузов-партнеров стало основной задачей, поскольку они самостоятельно оплачивали услуги Школы, в то время, как внутреннее финансирование было прекращено. Деятельность была, в первую очередь, ориентирована на развитие и поддержку российской конкурентоспособной высшей школы.
В связи со снижением платежеспособного внешнего спроса была введена новая модель деятельности Центра, которая действует до сих пор. Она подразумевает в равной степени работу с сотрудниками НИУ ВШЭ и других вузов. Реализуется эта модель как при помощи образовательных мероприятий для работников «Высшей школы экономики» на базе внешних организаций, так и путем организации программ повышения квалификации для сотрудников вузов-партнеров, подразумевающих также их стажировку на базе НИУ ВШЭ.